《塞尔达传说 时之笛 3D》是于任天堂64上发售的游戏《塞尔达传说 时之笛》的重制版，其画面不仅基于任天堂3DS主机重新演绎和得到大幅提升，而且还加入3D立体式效果。

很久以前，在这个世界没形成以前，是一片混沌，没有生命、没有规则的未知之境。力量女神利娜用她的臂膀，创造了大地；智慧女神娜露用她聪慧的精神，创造了最初的秩序，太阳与月亮相互交替，水往低处流，风定时的吹动；勇气女神罗璐，用她热情的心，创造了生命。三位女神在离去的地方，留下了黄金三角力量。由力量、智慧、勇气所组成的黄金三角力量，守护着这个世界。世世代代生活在这片土地上，繁衍生息的种族们，把这个世界称作“海拉尔”。

在这个东方森林中，有被称为森林守护神的“德库树”和长着孩童般模样的柯克里族在那里生活着。每位族人都有一只与己相称的妖精。只有一个名叫林克的少年，他孤单一人，没有妖精做伴。林克每晚都会做同样一个梦。出现于梦里的人，总是为逃亡而被带走的陌生少女，还有身后追赶的那个高个子男人。每当那个男人停下来注视自己的时候，他就会醒来。一天早上，林克被一个叫娜比的陌生妖精叫醒。它告诉林克，森林守护神的“德库树”要见自己。　德库树告诉林克，海拉尔沉睡之力——黄金三角正被一个叫作加农道夫的男人探寻着。为了不让黄金三角之力落入邪恶人之手，海拉尔选中了一位“拥有勇气的人”来阻止他。林克就是那位被选中的勇者。为探寻黄金三角和加农道夫，德库树将“森之精灵石”交过林克，随后便在加农道夫的诅咒中安详的死去。

从青梅竹马的少女萨莉亚手里接过陶笛。依依惜别之后，林克离开故乡，与娜比一起朝着海拉尔大陆出发。　被奥卡利那笛的旋律引导着，林克邂逅某种契机变成了青年。在少年与青年两种身姿的超越时空冒险中，林克与众多朋友相遇，离别。成长为一名真正勇者，与盗贼王加农道夫展开勇气与力量的较量。

林克（少年）

住在柯克里森林中的少年。在柯克里族中没有属于自己的妖精。与青梅竹马的萨莉亚等朋友们安稳的度过每一天。当得知海拉尔的危机和自己的命运后，离开故乡与妖精娜比一起踏上旅途。

林克（成年）

由于某种契机陷入沉睡7年，之后以怀有「时之勇者」的成年身姿再度醒来。与旅途中的朋友们相遇离别，一同展开拯救海拉尔的超越时空冒险。

娜比

是在林克艰难冒险时左右相伴、给予鼓励的羁绊。受到德库树的邀请来找林克。在冒险中给予林克提示和揭示敌人弱点的帮助。

塞尔达公主（少年）

海拉尔国王的亲生女儿，海拉尔王国的公主。虽然还只是少女却有着高贵与神秘的气质，深受国民爱戴。第一眼见到林克就感到他是消灭海拉尔邪恶之力的存在，知晓传说中的黄金三角力量沉睡的圣地所在。

加农道夫

住在海拉尔西沙漠只有女性的哥鲁多族，在100年后生下的男子。现服侍于海拉尔国王，表面看起来忠诚，眼神里却充满邪恶与野心。在塞尔达看来，他怀有某种目的欺骗了皇室，并打算将黄金三角之力占为已有。

萨莉亚

与林克一起长大、心地善良的柯克里族少女。为林克能够拥有妖精祝福着。发现林克与自己身边其他柯克里族人有着不同的存在使命，在林克出发离开故乡的时候依依惜别，建立了更加深厚的情谊。喜欢音乐，常常在森林中某个秘密的场所吹奏奥卡利那笛。

达鲁尼亚

住在死神山登山道地下广阔城市哥隆城中的哥隆族长。其族人是封印了太古邪龙瓦鲁基亚的英雄子孙。达鲁尼亚是个顽固的家伙，不过却被族人亲切的称为大哥。哥隆族有着可将身体蜷缩成像岩石球一般的坚硬身躯，以主食多东哥洞穴的岩石为生。

玛隆

住在海拉尔平原中央隆隆牧场，牧场主塔隆的女儿。与爱睡觉的老爸不同，是个活泼开朗爱唱歌的小姑娘。造访隆隆牧场的时候，就能听到玛隆清脆甜美的歌声。

艾波娜

海拉尔平原隆隆牧场中饲养的小马。与喜欢唱歌的玛隆是要好的朋友，艾波娜也喜欢歌声。如果在少年时代与艾波娜的关系变好的话，到了成年时代林克就能骑着她去冒险。

露多

左拉王宠爱的左拉族任性公主。讲话举止轻浮傲慢，不过却也很坦率，愿意帮助林克。

左拉王

治理着位于海拉尔东北左拉村落的左拉族国王。相较其他左拉族人有庞大的身躯，总坐在王座上。为女儿露多的野丫头感到苦恼。栖息在水边生活，擅长游泳和潜水的左拉族，将族中的大鱼“加布加布大人”视为守护神。

凯普拉·格博拉

拥有博学智慧的猫头鹰。屡次出现于林克的冒险途中，为林克指引道路。身世谜团很多，据说是远古贤者的化身。

席克

自称西卡族幸存者的谜之青年。在成年林克冒险时出现。尽管屡次为林克指明去向，意图不明。会用竖琴演奏，授予林克各种各样的奥卡利那笛之旋律。

因帕

从小哺育塞尔达公主长大的奶妈。以前生活在海拉尔，后发誓效忠海拉尔国王。她被认为是西卡族惟一的幸存者。创设卡卡利科村，受村民信赖。

游戏中有两个笛子：妖精之笛（Fairy Ocarina）和时之笛（Ocarina of Time ）。

妖精之笛乃林克离开家乡时莎莉亚（Saria）所赠。在林克拾到塞尔达公主抛出的时之笛之后，妖精之笛不知去向。两个笛子颜色不同，妖精之笛淡绿，时之笛淡蓝。使用和音色上两个笛子类似，但妖精之笛并不具备时之笛的神 奇力量。

「塞尔达传说 时之笛 3D 大师模式」，是游戏画面左右颠倒的镜面世界舞台。本篇世界中的迷宫布局、谜题设计，在里世界都有更新改动，出现敌人的种类和数量也有所不同。另外，在里世界中被敌人攻击到所受的伤害，是原世界2倍，整体难度提高。将本作正编通关之后，会作为隐藏要素解禁开启里篇。

2012年秋季，先后公布港版3DS和神游版3DS XL，港版首次公布就拿出五款中文游戏，可谓气势汹汹。第一波中文游戏就拿出来风格各异的五款游戏：包括核心成人化的生化危机启示录，任天堂的核心经典时之笛，全年龄蓝海战略任天猫狗，全年龄看家游戏两款马力欧游戏，可谓诚意十足照顾到了各种玩家。行走到3DS时代，在任何程度上讲，中文游戏数量和速度都是完胜于之前20年的任何一个历史时期。

本作中特别加入了利用陀螺仪感应器控制视觉的功能，作为3DS版独特的特色，透过如同摄像机般倾斜主机的方式，便可以自由的移动视角。

推动3DS的摇杆可驱使林克向对应方向移动。轻轻推是行走，大幅度推就是跑步。另外，在断开和有高低段差的两个平台之间，直接向目的地移动就会自动做出跳跃动作。

按下B键就拔出剑并进行攻击。L键锁定状态下与摇杆结合，可做出刺斩与纵斩等动作。除攻击敌人外，剑击能触发某些机关。

按下R键能做出持盾防御姿势。结合摇杆可改变盾的朝向，以应对不同角度的袭击。除防御攻击外，盾能将敌人发来的子弹反弹。

按下L键可对附近对象或敌人进行锁定。如果锁定了可谈话的对象，在远隔一段距离的地方仍可对话。战斗中对敌人进行锁定，可一心的进行攻击而不用去管方向。在此期间不会丢失目标。在没有锁定对象的地方按下L键配合摇杆，会进行人物固定朝向正面的平行移动，这样可一边移动一边观察前方的状况。

妖精弹弓

可攻击敌人。也能触发墙面或顶棚的某些机关。

炸弹

限时式炸弹，取出后一定时间内自动引爆。除破坏岩石和墙壁等之外，能对剑攻击无效的硬甲壳类敌人进行攻击。

飞镖

远隔攻击敌人，是对剑难以到达地方的敌人进行攻击的武器。投出会回来，所以也可借此勾取远处的道具。

铁链爪

锁链前端附有钩爪的武器。可勾住附近的东西，或者勾住场景内特定的挂钩，拖拽自己离开原来的地方，到达普通跳跃无法去达的平台。

重力靴

沉重铁质的靴子。穿上后整个人的体重会上升，借此可在水中自由的行走。若将其设定在XY快捷键里，可快速方便的切换穿上与收起状态。

奥卡利那笛演奏

触摸下画面的「奥卡利那笛」能做出吹它的动作。通过L、R、X、Y、A来演奏，根据旋律的不同会引发各种效果。

2011年6月16日即将在日本正式发售的《塞尔达传说 时之笛 3D》获得了37分的白金评价。